16e en 17e eeuw 

Het is zeer aannemelijk dat de Cunerakerk in de 14e/15e eeuw al één of meerdere orgels bezat, te meer daar er in de tweede helft van de 15e eeuw een telg uit het orgelbouwergeslacht van Biltsteyn, Johannes Jacobsz, te Rhenen woonde als orgelmaker en organist en het vrij onlogisch lijkt dat hij niet (ook) in de Cunerakerk werkzaam was. In de rekeningen van de kerkmeesters van de Cunerakerk uit 1521 al een post voor meester Herman, schoolmeester en organist. Over deze eventuele oudere orgels is niets bekend. Het is heel goed mogelijk dat er een positief heeft gestaan, dat ook na de bouw van het grote orgel in 1523 nog dienst gedaan zou kunnen hebben. In ieder geval is het wel zeker dat het eerste grote orgel van de Cunerakerk gebouwd is in 1523 door Johan Kavelens, orgelmaker te Amsterdam en leermeester van de bekende orgelbouwer Hendrik Niehoff.

De bouw van het orgel was begonnen in 1521 en zou een geschenk zijn geweest van (de Nederlandse) Paus Adrianus IV. In de bronnen is hierover echter niets teruggevonden en de kerkmeesters betalen Johan Kavelens ook uit eigen zak voor zijn inspanningen. Wel waren het opschrift “Adrianus Papa Sixtus” en de wapens van de paus aanwezig op het orgel.
Dat het ook werkelijk een geschenk van paus Adrianus is geweest, is hiermee echter nog niet bewezen. In ieder geval is Rhenen in 1523 een mooi en zeer vakbekwaam orgel rijker. Volgens M.A. Vente bouwde Van Kavelen een springlade in dit orgel. Dit was een nieuwe uitvinding in de 16e eeuw en Van Kavelen zou de eerste geweest zijn die dit systeem in Nederland toepaste.

Na de reformatie in 1581 wordt de Cunerakerk hervormd. De Cunerakerk schijnt niet erg geleden te hebben onder de Beeldenstorm, maar tocht heeft het orgel enige schade opgelopen, want in 1581/82 wordt het gerepareerd door Peter Jansz. de Swart voor f 125.

In de jaren daarna wordt het orgel door verschillende orgelbouwers onderhouden en indien nodig gerepareerd. Het is niet bekend wat deze reparaties precies behelsden.
Een noemenswaardige gebeurtenis in deze tijd is het bezoek van Jan Pietersz. Sweelinck aan het orgel te Rhenen in 1616. Sweelinck was waarschijnlijk samen met Kiespenninck onderweg en op hun doorreis komen ze in de Cunerakerk te Rhenen. De kerkknecht Jan Ecken moet overuren maken om de blaasbalgen te bedienen.

Uit deze tijd stamt ook de eerst bekende afbeelding van het orgel. In 1644 tekende Pieter Jansz. Saenredam een binnenzicht van de Cunerakerk met het orgel op de achtergrond. Deze tekening geeft dus de toestand weer na het herstel van Kiespenninck in 1611 en wegens gebrek aan documentatie is niet met zekerheid vast te stellen hoe het orgel er uit heeft gezien in het begin en na het herstel door Pieter de Swart in 1581.

18e eeuw

In 1672 begint de Franse overheersing en ook Rhenen ontkomt hier niet aan. De Cunerakerk wordt weer gevorderd voor de Katholieke eredienst, maar niet voor lang, want in 1673 moeten de Fransen zich al weer terugtrekken. Dit laatste gaat vergezeld van vele vernielingen en ook het orgel wordt beschadigd. Het duurt echter tot 1734 voordat het orgel gerepareerd wordt en tot die tijd is er ook geen organist geweest.
Op 17 mei 1734 wordt besloten Matthijs van Deventer opdracht te geven het orgel te repareren. Naast reparatie is het orgel ook uitgebreid in stemmen, maar in welke mate is niet bekend.
De dispositie van het orgel is gevonden in Joachim Hess' "Vervolg" van een tot nu ongeïndentificeerde hand.

Bij dit werk zijn 4 blaasbalgen.
Is gerepareerd in 1817 door J.C. Friederichs, orgelmaker te Gouda.

G.H. Broekhuyzen geeft in zijn Orgelbeschrijvingen tussen 1850 en 1862 de volgende beschrijving van het orgel:

Uit deze informatie uit de 19e eeuw krijgen we een aardig beeld van het orgel wat betreft omvang en registers, maar we kunnen niet opmaken in hoeverre dit beeld origineel is, want ze geven de toestand weer na de reparatie van Van Deventer in 1734/35 en de wijziging door J.C. Friederichs in 1817.

Hierna zijn er weer diverse orgelbouwers die het orgel in onderhoud hebben gehad: Johann Henrich Pohtmann in 1780, G.T. Bätz in 1784 en Johannis Werner in 1787.
In 1794 volgt een grote reparatie aan het orgel door Abraham Meere. Tot aan 1816 zorgt hij ook voor het jaarlijks onderhoud.

19e eeuw

De volgende ingrijpende restauratie vindt plaats in 1817. Op 22 april tekent Johan Casper Friederichs, orgelmaker te Gouda, een contract met de kerkelijke commissie over de voorhanden zijnde reparaties.
Op 2 januari 1825 sturen B.J. Gabry en J.F. in de Maur, orgelmakers te Gouda, een brief aan de kerkmeesters, waarin zij berichten dat J.C. Friederichs is overleden en dat zij het jaarlijks onderhoud van het orgel willen overnemen. Dit wordt goed bevonden, want vanaf 1826 wordt Gabry in rekening vermeld voor onderhoud aan het orgel, tenminste tot 1869.
Rond deze tijd begint men te denken over een ingrijpende reparatie aan het orgel. Men verschilt echter van mening met elkaar en met orgelmaker Gabry over het tijdstip waarop dit zou moeten gebeuren. Er ontspint zich een uitgebreide discussie die uiteindelijk zal leiden tot de verdwijning van het oude orgel uit 1523.

Ook Orgelbouwer van Oekelen & Zonen wordt om advies gevraagd en zij rapporteerden dat het orgel geheel versleten is en dat reparatie onmogelijk is. Zij willen een nieuw orgel bouwen met 3 klavieren, 30 sprekende stemmen, voor f 15.000 à f 16.000.
Dit komt de heer F. Leichel, orgelbouwer te Düsseldorf, ter ore. En hij biedt aan een nieuw orgel te bouwen met gebruikmaking van oude onderdelen voor een prijs van f 4.700 à f 5.000. Daar dit bedrag de Kerkmeesters van de Cunerakerk meer aanspreekt krijgt Leichel de opdracht voor de bouw van het orgel. Uiteindelijk wordt de prijs f 6.800. Het orgel is inderdaad aanzienlijk vergroot, want M.H. van ’t Kruijs geeft in 1885 de volgende dispositie op:

20e eeuw

Het nieuwe orgel wordt op zondag 18 februari 1900 ingewijd. Johan Wagenaar, organist van de Domkerk te Utrecht, had het orgel op verzoek van de kerkvoogden geïnspecteerd.

Het nieuwe orgel ziet er op het eerste gezicht prachtig uit, maar aan de dispositie is te zien dat het orgel muzikaal gezien geen hoogstaand kunststuk is: teveel soloregisters, nauwelijks vulstemmen en geen enkele 2 voet op het zwelwerk en geen 4 voet op het pedaal. Dit is typisch voor de Nederlandse orgelbouw uit deze tijd. De pneumatische kegellade is een modegril van deze tijd: tegenwoordig wordt het nauwelijks meer toegepast omdat de organist bij het indrukken van de toetsen geen direct contact heeft met de windkleppen. (Foto situatie 1926)

Helaas wordt dit orgel ook nu weer geen welvarend bestaan gegund. Tijdens reparatiewerkzaamheden aan het dak van de kerk in 1934 vat de kap vlam en tijdens het bluswerk loop het orgel waterschade op. Een jaar later gaat het orgel in reparatie bij de orgelbouwers J. de Koff & Zoon te Utrecht.

In 1938 begeeft de noordoostelijke pijler van het schip het en sleept in zijn val een deel van de gewelven mee. De gehele kerk wordt nu gerestaureerd. Het orgel dat net gerestaureerd is, loopt hierbij ook schade op en wordt wederom gerestaureerd en uitgebreid, ditmaal door de firma Sanders te Utrecht. Deze restauratie is grondig en het orgel krijgt er een aantal stemmen bij, die nodig zijn om ook de oude orgelliteratuur te spelen. Het orgel krijgt een elektrisch-pneumatische tractuur, een vierde manuaal en de speeltafel wordt beneden in de kerk geplaatst. Het front van het orgel wordt ingrijpend gewijzigd en wordt geplaatst onder de toren, boven wat nu weer de hoofdingang van de kerk is. De nieuwe dispositie is:

Tijdens de meidagen van 1940 lijdt de kerk, ondanks de heftige gevechten rond de Grebbeberg, maar beperkte schade. Echter op dinsdag 24 april 1945 wordt de Cuneratoren gebombardeerd door de Engelse luchtmacht, die in de veronderstelling verkeert dat er nog Duitse soldaten op de toren gestationeerd zijn. De kerk is weer een puinhoop en het orgel, dat nog maar net af was en nooit heeft gespeeld, wordt hierbij volledig verwoest.

In de na-oorlogse jaren speelt er lange tijd een conflict tussen de kerkvoogdij en de firma Sanders te Utrecht over de vraag of de in 1944/45 door Sanders verrichtte reparaties betaald moeten worden.
Uiteindelijk wordt besloten een nieuw orgel te laten bouwen door Gebr. Van Vulpen Orgelbouwers uit Utrecht. Zij beginnen met de bouw van dit mechanische orgel in 1954 en in 1957 is het klaar. 

Bron: Diederick Meinen, De orgelgeschiedenis van de Cunerakerk te Rhenen (1991)